2019年元旦起，大陆个人所得税新规正式上路，40万台籍干部是否列入税务居民、两岸所得税能否相互扣抵、以及税务新制是否引起资金外流对企业主影响等疑虑，备受关注。比较新旧版的所得税额级距，仍採分7级距的累进税率，但新版的低税率级距扩大，且30%、35%、45%等高税率级距不变，唯其他收入一併纳入综合徵税范围是主要风险。
年收入破3.5万（人民币，下同）及税率30%者，其实受新版个所税影响不大，而年收入在3.5万以下者享有减税优惠，可减轻中低所得者和基层员工的税务负担，倘若台籍干部的薪资待遇较高，恐面临增加课税的风险。整体来说，大陆新版个所税上路后，对刚来大陆市场的台青有减轻税务的功效，唯年资较深的台干随所得收入的增加，可能面临到较高的课税疑虑。
大陆新版个人所得税除了看调整税率级距及提高基本减除费用之外，还必须得关注「实施综合徵税」的前后差异。新版改为工资薪金所得、劳务报酬所得、稿酬所得及特许权使用费纳入综合徵税范围，并适用累进税率。换言之，董监酬劳、时常兼差、讲课出书或外务所得收入较多的台籍人士，关于上述4类所得相加且总所得增加，恐怕得适用较高的累进税率。此外，个人反避税条款的措施亦写入在新版个所税中，只要在境外第三地避税，实施不合理商业安排，并藉此避税者，大陆税务单位可依规定补徵税款且加收利息。
按照国台办发言人的说法，《个人所得税法》修订前，包括台湾同胞在内的境外人士，取得的由境外支付的境外所得优惠期为5年，即针对在大陆境内无住所，但居住1年以上、5年以下的个人，可就大陆境内所得和大陆境内支付的境外所得缴纳个人所得税。至于两岸所得税能否相互扣抵？实务上受限两岸关系低迷的因素，两岸税务资讯并未互通，通常台干在两地各自申报，其实大陆个人所得可以拿回台湾折抵，但因手续时间及折扣金额等综合考量未必符合实际效益，所以台干泰半还是两地奔波申报。
值得注意的是，大陆针对税务居民的身分认定扩大，旧版规定在大陆无住所且在境内居住未满1年的个人，新版修正后变成在大陆无住所且境内居住未满183天，增加台籍工作者就大陆境外所得缴税的风险。事实上，初来乍到的台青除非仅来走马看花，切勿将大陆税务问题等閒视之，台青倘若来大陆工作已满183天者，皆有成为税务居民且缴纳所得税之虞。是以，台青必须考量是否长期经营大陆市场，否则随年资和收入的增加，或者在此成家立业的打算，迟早都会面临累进税率的问题。
陆委会、海基会等机构有必要协同瞭解大陆市场的律师事务所、会计师事务所共同建立谘询平台，避免资讯不对称所衍生的争议，降低台干赴陆打拚或台青赴陆创业时所面临实际的税务纷扰。
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