2020年的第一个月，伤心与悲愤交织，新冠肺炎（2019-nCoV）病毒肆虐中国大地，给国家和人民造成了难以估量的损失。除了严峻的疫情，我们还需要冷静面对现实。新冠肺炎病毒的源头、中间宿主、传染速度规模预测以及药物筛选的研究才刚刚开始，针对病毒的疫苗、创新药物研发还面临着更加艰难的挑战。然而，自从疫情爆发以来，各种形式的关于病毒源头的阴谋论层出不穷，其观点旨在说明新冠肺炎病毒可能非自然形成，是“人造病毒”。病毒阴谋论提法往往缺乏学论证，其观点并不能引导或帮助一线工作人员，反而误导了公众，造成如同病毒一样的恐慌。
新冠肺炎“人为制造”观点的一个始作俑者是印度学者Prashant Pradhan等人发表的预印本论文（目前已由作者主动撤回）。该论文宣称，在武汉华南海鲜市场爆发的新冠肺炎病毒的基因中发现四个独有的基因片段（见图1），并且这些片段只有在HIV病毒上出现。进而猜想新冠肺炎病毒是由现存的冠状病毒加上人工挑选的HIV片段合成而来。
图1. 2019-nCoV病毒蛋白质序列和SARS-CoV序列的比对（红色方框处就是某些谣言传播者认为的人工插入基因片段）
密西根大学张阳教授领导团队最新开展的一项研究工作，通过系统检索比对这四个来自新冠肺炎病毒所“独有”的片段和微生物病毒基因数据库数据的相似性，通过对病毒序列、结构数据库系统严谨的科学分析，否定了新冠肺炎“人造病毒”阴谋论，研究结果2020年2月8日发表于预印本网站bioRixv（见图2，完整论文下载网址：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.04.933135v1）。
http://www.moremorewin.net/imgserver/imgs/2020/02/10/f7175d01418db58202e1fe0d3eaf6da3.jpg图2. 研究论文
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.04.933135v1
张阳教授团队首先从病毒序列分析的角度出发，发现所谓的来自于HIV的基因片段通常会大量出现在其他类型的细菌或病毒的基因上。与现有其他六种感染人类的冠状病毒（SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-229E、HCoV-OC43及HCoV-NL63）及被广泛认为是病毒源头的蝙蝠冠状病毒（RaTG13）比对分析结果表明，这些基因片段和RaTG13高度相似（图3），并且部分基因片段在其他六种感染人类的冠状病毒上存在着相似的同源片段。
http://www.moremorewin.net/imgserver/imgs/2020/02/10/6eca9f177f29068cdb1ebe494fdb11b3.jpg图3. 冠状病毒潜在感染途径及冠状病毒家族序列多重序列比对结果其实，这项研究的结果并不仅仅是否定了新冠肺炎病毒是由HIV病毒拼接的可能性，而且从根本上否定了该病毒是人为制造的可能性。从已有的数据来看，新冠肺炎病毒与其它六种人体冠状病毒一样，都同蝙蝠所携带冠状病毒有类似进化关系，显示新冠肺炎病毒和其它冠状病毒一样，都来自蝙蝠。并且，这些冠状病毒之间都有很近的同源关系。如果这个2019nCov病毒是人为制造，它们不可能有这样的同源进化关系。即使其中有一两个片段是人为蓄意插入，这些片段很容易从多系列比对挑选出来。从目前的数据分析中，看不到有这样的片段。
张阳教授团队进一步从结构生物信息学的角度，否定了“人造病毒”的结论。“人造病毒”的一个重要证据是Prashant Pradhan等人宣称新冠肺炎病毒与HIV同源的四个基因片段正好位于突刺蛋白（Spike）和人体细胞血管紧缩素转换酶（ACE2）的结合位点上。由于病毒是通过Spike和ACE2的相互作用完成对人体细胞入侵的，因此有人借此提出新冠肺炎病毒的设计者特意挑选这四个关键片段来增强冠状病毒的感染性。截止到目前，还没有新冠肺炎病毒Spike和ACE2复合体的实验结构。张阳教授团队利用实验室自主开发的I-TASSER增强版本（C-I-TASSER）和蛋白质结构域组装（DEMO）等软件，首次预测得到了Spike和ACE2蛋白的复合体的三维结构。结构模拟结果表明，这四个所谓的人为插入片段在三维结构上都远离Spike蛋白和ACE2受体的结合位点（图4），这也就进一步说明，如果是人为设计的话，该插入对病毒的感染性基本无任何作用！这样，“人造病毒”的谣言也就不攻自破!
http://www.moremorewin.net/imgserver/imgs/2020/02/10/a548be2a04878d5de793e4ed2984a612.jpg图4. Spike和ACE2蛋白的复合体的三维结构另外，张阳教授团队利用最新的C-I-TASSER和DEMO等软件预测了新冠肺炎病毒的整个蛋白质组，并将结果公布在https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/C-I-TASSER/2019-nCov/，可供相关研究者免费下载研究使用。
尽管新冠肺炎源头为蝙蝠获业内多数人认可，然而中间宿主却一直至今为止是未解之谜。
新冠肺炎型病毒如何传染到人？冠状病毒的最初来源一般是蝙蝠，但怎么样从蝙蝠传染到人，中间宿主是什么？这一溯源工作的早日清晰对疫情防控及其关键。
Wei Ji等人发表研究论文，认为蛇是可能的中间宿主；华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室沈永义教授、肖立华教授等科研人员联合中国人民解放军军事科学院及广州动物园科研部公布了最新研究成果，认为穿山甲为新型冠状病毒潜在中间宿主。目前，不少病毒研究工作者认为目前没有明确的证据表明冠状病毒能过传播给哺乳动物及鸟类以外的物种。
围绕新冠肺炎病毒有可能的野生动物来源，张阳教授团队开展了病毒溯源工作，通过分析了2019-nCoV、SARS-CoV、MERS-CoV及其他102367个脊柱动物的Codon使用情况，初步研究结果并不支持蛇为中间宿主的这一结论（表1），中间宿主更有可能是哺乳动物或者是鸟类。鉴于中国当前疫情防控的严峻性，确定中间宿主将对本次疫情的防控具有重大意义，也会对野生动物管控的相关政策调整提供科学依据。
张阳教授团队中间宿主的溯源工作也正在深入开展中。
表1. 同义密码子比较结果，数值越小代表越有可能成为中间宿主。
http://www.moremorewin.net/imgserver/imgs/2020/02/10/1efafa330f267506c0340ff438531703.jpg该项研究工作最终结论表明，2019
年新冠肺炎病毒应由蝙蝠冠状病毒RaTG13自然演化而来，中间宿主更有可能是哺乳动物或者是鸟类。
据悉，该项工作在2月初已经完成，由于bioRxiv编辑的慎重审查，直至今天才发布。但是亡羊补牢，犹未为迟。正如张阳教授所讲的，“虽然很多人已经对印度学者的论文发表了不同的看法，这应该是第一篇结合蛋白质结构预测和大标度序列检索，并经过严格统计学分析，有助于澄清HIV人为合成新冠肺炎病毒谣言的论文”。
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