尽管遭遇外界质疑，但武汉病毒研究所石正丽还是获得官方认可。1月15日，中国科学院授予石正丽“中国科学院先进工作者”称号。
中国科学院武汉病毒研究所官方微信显示，官方评价石正丽是“脚踏实地、深耕细作，在困难和挑战面前，从不退缩、顽强拼搏”。
官微还梳理石正丽在新冠肺炎（COVID-19）疫情防控中的工作。疫情暴发初期，她就担任湖北省新型肺炎应急科研攻关研究专家组组长。
石正丽尽管受到质疑，但被官方认可，获得荣誉。（微信@中国科学院武汉病毒研究所）
随后，石正丽带领团队完成病毒核酸检测、全基因组序列的测定、病毒分离和培养、血清学鉴定和动物感染实验，证实引起武汉不明原因肺炎的病原为一株新型冠状病毒。
彼时该团队代表中国科学院武汉病毒研究所，与中国疾控中心、中国医科院率先向世界卫生组织（WHO）提交基因组序列，为后期疫苗开发、药物筛选奠定基础。
此后，石正丽组织协调与国药中生集团合作研制灭活疫苗，是全球首个进入临床的灭火疫苗，二期试验受试者抗体阳转率100%，并在全球率先开展III起研究。
官微称，截至目前，石正丽主持和承担各类科学研究项目55项，包括国家973项目、国家科技重大专项、科技基础性工作专项、国家自然科学基金等。
她还在Nature、Science、Cell等中外学术刊物发表论文190多篇，论文被他引6,000多次，单篇他引次数4,000余次，合编专著6部。
石正丽于2014年起连续五年入选Elsevier“中国高被引学者”榜单（免疫与微生物学），作为第一完成人荣获2017年湖北省自然科学一等奖和2018年国家自然科学二等奖，并于2019年入选美国微生物科学院Fellow。
另外，石正丽于2016年被法国政府授予“法国棕榈教育骑士荣誉勋章”。
在中国，石正丽还曾获得“五一劳动奖章”、中科院“十大杰出妇女”、湖北省“有突出贡献中青年专家”、国务院政府特殊津贴等荣誉。
官微最后盛赞，石正丽的工作“实事求是、严谨细致”，“以实际行动弘扬新时代科学家精神，做科技报国的践行者和示范者。”
不过，石正丽所在的武汉病毒研究所被指管理不善，致使新冠病毒（SARS-CoV-2）泄露，进而造成疫情扩散。石正丽随后辟谣指相关报道论据不足、含有臆测成分。
2020年4月16日，2008年诺贝尔医学奖得主吕克·蒙塔尼耶（法国病毒专家）提出新冠肺病毒很可能来自武汉病毒研究所，在学界引发一系列争议。
但从中国官方对石正丽的褒奖看，北京并未理会外界的质疑。中国舆论也多认为，有关对石正丽的指责实质是对中国抗疫行动的污名化。
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