发表于28日《细胞》杂志上的一项研究称,科学家对2200万个人类T细胞(即免疫细胞主力)进行基因“压力测试”后,解码了人类免疫细胞基因调控回路,绘制出一张迄今最为庞大的、高分辨率的人体免疫细胞功能图谱,为虚拟生物学和下一代免疫疗法提供了功能性“规则手册”。该成果由美国格拉德斯通研究所、加州大学旧金山分校和斯坦福大学联合完成,被视为免疫学和基因组学的里程碑。
研究团队运用名为“Perturb-seq”的技术,对来自真实献血者的2200万个人类T细胞进行了系统性基因“压力测试”。
他们逐一关闭了近12800个不同基因,观察这些操作对细胞功能的影响。与以往依赖实验室细胞系不同,本次研究直接使用了真实人体免疫细胞,使得结果更贴近临床实际。
“这超越了单纯的DNA测序。”该研究高级作者、格拉德斯通-加州大学旧金山分校基因组免疫学研究所所长亚历克斯·马森博士表示,“我们不仅知道基因是什么,还弄清了它们在健康和疾病状态下如何工作。”他认为,这是继人类基因组计划和人类细胞图谱之后的第三次生物学浪潮。
研究发现,基因并非孤立发挥作用,而是构成复杂的动态回路。这些回路的运作方式高度依赖于细胞所处的环境,例如细胞处于静息状态还是正在对抗感染。研究团队将其比作计算机电路:只有理解整个回路,才能预判细胞的行为。
这一数据集同时也是“十亿细胞图谱项目”迄今最大的成果。该项目旨在为AI模型提供海量开源训练数据,推动虚拟生物学发展。
研究显示,AI模型需要在多样化的细胞状态和健康场景下训练,才能做出准确预测。截至今年7月,该项目已完成超过3.5亿个细胞的测序,并产生超过6PB(拍字节)的基因组数据。
目前,科学家已开始将此次绘制免疫细胞功能图谱的方法应用于癌症研究,计划追踪基因变化如何影响T细胞与肿瘤微环境的相互作用。马森博士指出,这项研究提供了“基因如何控制T细胞反应的基本规则手册”,有望成为整个免疫学领域的标准参考工具。
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