据美国信息科学研究所 （ISI） 基本科学指数 （Essential Science Indicator） 数据库2006年9月1日最新数据显示，1996年1月1日至2006年6月30日论文数排在前10名的中国高等院校中，大陆有6所，香港、台湾地区各2 所；引用次数排在前10名的中国高等院校中，大陆有4所，香港、台湾3所。具体排序为：
SCI论文数的排序是：
1. 台湾大学 （22623）
2. 清华大学 （19230）
3. 北京大学 （16702）
4. 香港大学 （16128）
5. 浙江大学 （14335）
6. 香港中文大学 （14052）
7. 南京大学 （13439）
8. 台湾成功大学 （12374）
9. 中国科学技术大学 （11996）
10. 复旦大学 （9926）
SCI论文引用次数的排序是：
1. 台湾大学 （138819）
2. 香港大学 （119736）
3. 香港中文大学 （100119）
4. 北京大学 （76336）
5. 香港科技大学 （66104）
6. 台湾成功大学 （60292）
7. 清华大学 （58567）
8. 中国科学技术大学 （56343）
9. 南京大学 （55613）
10. 台湾清华大学 （45976）
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