马英九主张两岸签署和平协议，但强调事前会将这项议题交付公民投票，如未通过公投门槛，就不会推动和平协议。然而自从2004年《公民投票法》完成立法后，台湾三度举行全国性公投，交付公投的六项议案，从未达到投票人数门槛，悉数遭否决。
据10月21日报道，马英九未来若有意将和平协议交付公投，实务上透过立法院党团发动较为可行，但要达成案门槛，仍有相当难度。
根据公投法规定，参与公投人数达全国选举人总数一半以上，且有效投票数超过1∕2同意者，该公投即为通过。全国性公民投票范围包括：法律复决、立法原则创制、重大政策创制或复决、宪法修正案之复决。公投发起方式则包括，立法院院会决议通过，以及公民主动发起。但公民发起公投需先有超过上届总统大选选举人总数千分之五连署，连署过后还需经公投审议委员会审议提案。
公投法未赋予行政部门主动发起公投权力，唯一例外是当国家遭外力威胁导致主权有变更之虞时，总统得经行政院院会决议后发起公投，这种情况就是所谓“防御性公投”。2004年总统大选时，陈水扁曾以“中共部署飞弹对准台湾，使台威面临重大威胁”为由，发起至今唯一一次防御性公投。
当年的防御性公投议题包括“是否同意政府加强自我防卫能力”，以及“是否同意政府与中共展开对等谈判”两案，虽然阿扁“公
投绑大选”的适法性及必要性遭蓝军质疑及抵制，但因总统大选热度，参与公投的民众高达700万人，不过离公投成立门槛，选举人总数半数以上仍有近百万差距，两案皆遭否决。
2008年立委及总统选举期间，蓝绿双方以公民连署方式，分别发动“反贪腐”、“讨党产”；“加入联合国”、“务实返回联合国”等公投案，但双方打对台互相抵制的结果，也造成参加公投人数被稀释，公投案仍悉数遭否决。
内政部长江宜桦昨天在立法院也表示，从实务经验来看，由立法院院会决议通过办理公投较为可行。
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