对于马英九就职演说有关两岸论述，台湾学者表示，其讲话与吴伯雄在国共论坛上的发言，在中共的角度来看肯定是“走回头路”的迹象。而大陆表面认为马就职演说平实，没有太多变化，但其内心却相当失望。
据5月21日报道，马英九20日就职谈话，与吴伯雄在国共论坛上的发言，如果以中共的角度来看，肯定是“走回头路”的迹象。对此，台湾学者表示，其实大陆根本不在意怎么解释“一国两区”，而是在意有没有“一中原则”，但这次马回避了大陆的要求，演说中拿掉了这样的说法，对岸肯定会相当失望。
厦门大学台湾研究院院长刘国深就说，有关“一国两区”的部份，马英九进一步解释为“一国中华民国，两个区域”，这些内容是依据中华民国宪法增修条文而来，大陆过去就有所理解，但大陆所看重的，是有关“两岸同属一个中国”，这个立场也没有改变。
中国社科院台研所研究员王建民在接受台媒访问时直言，大陆期待马英九能在“两岸同属一中”论述上能明确表态。但最后却只是继续“不统、不独、不武”的负面论述，这种过于保守的表现，与大陆预期有差距。
政治大学国家发展研究院教授童振源透露，在520以前，大陆曾透过许多管道，要求马英九能在演说中表达“同属一中”的立场，但他没有做到，甚至将“一国两区”做了进一步的解释，这些都不是大陆想要的东西，不符合大陆的需求。
童振源认为，马英九第二任的两岸政策与第一任时相同，没有调整，与中国大陆的期待有落差。大陆方面的学者与官员曾多次表明，希望马英九加强两岸政治互信，以及表明两岸同属“一中”的立场，但是马英九在演说中，把两岸定位从吴伯雄3月22日在北京吴胡会中提的“一国两区”，调整为“一个中华民国、两个地区”，因此大陆未来不可能对马英九有正面回报，两岸关系只维持既有的架构与经贸谈判交流。
童振源表示，马英九提的“一国两区”在“宪法”可以解释得通，但大陆要的是“一中”，要的“一中”也不是“中华民国”。马英九没有承认“一中”，未来两岸关系恐怕没有太大突破，军事互信与和平协议都不太有可能，政治对话不太可能发生，大陆也不会让台湾顺利参与国际组织，要透过两岸谈判转变成外交突破也不可能，因为大陆要的都没有拿到，因此未来两岸关系突破的困难度高。
此外，童振源也指出，马英九的演说虽然提到两岸人权、民主，但是马英九是消极保守的，因为他只提两岸民间团体交流，没有提到台湾政府的角色，表明他在这方面不是要跟大陆作对的。
相关人士分析，其实马英九对两岸的定位，立场始终没有改变，但回避了大陆的要求，可能会使经贸谈判受到影响。这会让先前高喊“2年内完成ECFA后续协商”的马政府进退两难。
至于马的谈话为何有这样的改变，一般认为是受到国内环境的影响，由于油电双涨、美牛议题，导致马英九必须好好面对国内情势，自然而然会让整体对外政策有所保留，不敢有太多冒进。
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