一度被形容成台湾之父与台湾之子的前总统李登辉与陈水扁，后来因故反目，而特侦组在侦办扁案过程中，扁对与李有关的“资料”似乎情有独钟，包括奉天专案、新瑞都案等被形容成国安密帐的资料，扁都亲自带回住处，随身保管。
特侦组侦办前总统陈水扁涉嫌侵占机密公文案，检方21日依违反《国家机密保护法》等罪将陈水扁起诉。特侦组还发现扁搜集前总统李登辉、前副总统连战、亲民党主席宋楚瑜等人的“黑资料”。
特侦组发言人陈宏达21日拿出共3大册起诉书说，特侦组侦查终结，检方将起诉陈水扁。
特侦组在陈水扁位于宝徕住处，查扣到国安密帐奉天专案孳息支出统计表、调查局制作的相关证人笔录，以及相关资金流向等。
陈水扁在16次接受侦讯时均称，隐匿公文为部属所为。检方指出，依据总统府文书作业办法，总统卸任后应将因公务持有文件缴回，加上《国家机密保护法》是在陈水扁担任总统任内通过，理应对于相关规定非常清楚。因此，承办检察官对于扁所称，文件是由幕僚处理，陈水扁个人并不清楚的说法并未采信。
扁原向检察官说，侵占隐匿机密公文是看完后都由幕僚处理，随后改口是为了写回忆录、口述历史，还说“卸任总统要写回忆录是必然的，否则成立卸任总统办公室做什么？”但检方发现，扁藏匿机密公文与后来向媒体爆料内容有高度雷同，目的显然是为了搜集李等人不利事证。
前调查局长叶盛茂也说，多件扣押文件是他在局长任内依扁指示提供；印象中只有跟李前总统相关的新瑞都案、国安密帐等案件，陈前总统才会要求看最原始的调查笔录。
对此，扁坦承，“奉天专案孳息一览表是蔡局长给我的”，他带回宝徕住处，“因为这种文件我是随身携带”，相关资料都是例行的情资报告，可能涉及到李前总统，为了避免被李前总统误会他在恐吓，才会保存这些资料。但特侦组认为，扁将公文内容透过媒体进行公布，目的绝非仅是撰写回忆录，更有不利事证、应付自身诉讼攻防考量。
特侦组发言人陈宏达表示，由于全案在侦办时已属国家机密，将来院方也会以不公开方式审理，起诉书全文将改以新闻稿代替。
由于起诉时间时机在马第二任期，引起绿营质疑，他重申，检方结案没有时间表，将依相关证据决定是否起诉，只要事证完备就侦结，绝无政治或其他考量。
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