前总统陈水扁在卸任前涉嫌侵占国家机密文件，日前遭特侦组起诉，而阿扁之所以被调查，是因日前出庭国务机要费案，为证明自己无罪，拿出李登辉时代的“极机密公文”，遭检察官当庭封存。
2008年520政权移交前夕，总统府花了200多万购买57台大型碎纸机，把不要的公文全销毁、要的公文打包搬进扁办公室。当时负责交接的前总统府秘书长詹春柏就质疑：“总统府是全国政权中心，为什么情治单位竟没有多少文件可供移交？”
不过没想到，特侦组在侦办国务机要费案时，阿扁为证明自己申请国务机要费没有问题，当庭秀出一件“极机密”的公文，是李登辉时代的“明德专案”，总统府有个小金库可供总统私下使用；阿扁以此向检察官说明，表示自己因为没有小金库，因此才申请国务机要费。
事后特侦组三度搜索，查扣了约100多箱文件，这些公文经检察官会同总统府、国安会、国安局、国防部、外交部等机关会勘后，认定陈水扁侵占、隐匿公务上持有、公务员职务上掌管文书17,375件，其中属于国家机密的就有3,419件。
但阿扁指控，2000年李登辉交接给他时的公文也不多，强调自己“合法”有权持有这些文件，并否认自己侵占公文，更说没人要求他缴回相关文书，反驳自己有罪。
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