中华人民共和国政府成立最早的部门之一，铁道部在本次大部制改革中遭到撤并。根据国务院实行铁路政企分开的方案，将铁道部部分行政职责划入交通运输部，组建国家铁路局，由交通运输部管理。企业职责部分，组建中国铁路总公司。
1949年10月1日，根据1949年9月27日中国人民政治协商会议第一届全体会议通过的《中华人民共和国中央人民政府组织法》第十八条的规定，设置中央人民政府铁道部。历史上除1970年至1975年间与原中华人民共和国交通部、中华人民共和国邮电部合并成立新的交通部之外，一直延续至今。
有消息人士说，在2008年3月的第十一届全国人民代表大会第一次会议上，有建议重新组建新的交通运输部，并将铁道部归入新设的部门，以减少机构的重叠设置。但由于相关阻力太大，此方案最终不了了之。
时任铁道部副部长的陆东福在解释铁道部为何不应该并入交通运输部时认为，铁路在促进区域协调发展战略中作用不可替代。他说：“铁路对中国有着包括国土开发、国防建设、维护国家民族统一的作用；而保留铁道部，则是从国家战略的需要考虑的。”
《纽约客》杂志的驻华记者欧逸文说，中国铁道部的员工数量几乎等同美国政府的所有文职雇员。他在自己的文章说，这个“官僚帝国在规模和独立性上仅次于军队，拥有自己的警察、法庭和法官， 铁道部是国中之国。”
改革铁道部被外界视为中国政体改革的“攻坚之举”。谓之“攻坚”，除了关乎战略布局和重大民生考量外，也因为中国政坛从来不缺少从铁道部晋升的官员。在铁道部历任部长中，吕正操（全国政协副主席）、万里（中共中央政治局委员、全国人大常委会委员长）、丁关根（中共中央政治局委员、中央书记处书记、中宣部部长）、韩杼滨（最高人民检察院检察长、中纪委副书记）等人最终谋得高职，人事利益纠葛复杂。
末任铁道部部长盛光祖2011年2月接任铁道部部长，其前任刘志军年因涉嫌严重违纪而被免职。“作为最后一任部长，你心情如何？”面对记者提问，盛光祖面带微笑并直言“没有遗憾，大家放心，我会服从国家需要，服从组织的安排。”至于现有人员的安置问题，盛光祖说，“不存在安置问题，都在就业岗位上，也不会裁员”。
这位在“7.23动车追尾事故”中被质疑佩戴价值11,000美元豪华手表的官员，在铁道部被撤并后接受时说，铁路的平均票价是偏低的，今后要按照市场规律，企业化经营来定票价。此番言论被中国民众解读为火车票即将涨价，引发较大舆论波动。
一位中国网民留言表达了自己的担忧：这样一家独大的垄断经营企业，会否在短时间内让中国的铁路客货运“价格与市场接轨，服务与官僚接轨”。也有中国网民认为：铁道部改革，改好了，大家出行都方便，大众交通。改不好，涨票价，搞所谓与市场接轨，市场定价将彻底解决铁路的春运问题，让穷人都回不了家。
也有中国民众认为，铁道部的存在为中国的发展作出了巨大的贡献，并将其与日本的新干线相提并论----“铁道部终于寿终正寝。这个几十年不涨票价的火车没人记得它为铁路发展做出的巨大贡献，没人记得它的职工收入远低于石油电力电信等行业，但都牢牢记得它的贪腐和2万亿负债。日本“铁道部”创造了5年建成新干线的奇迹，在87年民营化时负债2,690亿美元，裁员44万人，现在要再建一条新新干线计划却要用20年。”
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