“日据”与“日治”之争开始于20世纪50年代初期，1951年前一直用“日治时期”，后中国国民党改为“日据”。李登辉执政时则将该时期称为“日治”。台湾初中和高中课本先后改称为“日治”。而最近有克毅等三家出版商向监察院陈情，指因送审教科书用“日据”字眼，被审定委员会退件，无法出版。这就形成了“日治到日据到日治再到日据”的变迁过程。
历史上，清政府因在甲午战争中败北，于1895和日本政府签署《马关条约》，将台湾岛及所有附属各岛屿、澎湖列岛割让给日本，直至1945年。据史料记载，1951年之前，称此时期为“日治时期”。1951年，中国国民党中央改造委员会要求将“日治时期”矫正为“日据”。台湾解严后才逐渐形成的“日治”。李登辉执政时，一直称“日治”时期。
有史料记载：刊登于《台湾省政府公报》一九五一年冬字第四十一期的新闻处公文，内容如下（见下图）：
台湾省新闻处代电
肆拾戍删新甲字第五七三一号 (不另
中华民国四十年十一月十五日 行文)
电文
事由：为日据台湾五十年光复后俗称“日治时期”有矫正必要应称为“日据时期”特电转请查照
公论报、国语日报：
一、准中央改造委员会第四组 十一月三日 台四○改四宣字二六五二号代电开：“一，查台湾之为日本侵略占据，自满清光绪乙未年起至中华民国卅四年光复时止(一八九五─一九四五年)，历时五十年，世俗每称此一时期为‘日治时期’，习焉不察，殊堪忧惧。台湾原隶我国版图，五十余年前因甲午战争我国战败，遂为日本占据，我乃丧失主权，此系侵略行为武力占领之所致，如称此时期为日治时期，不特有眛于日本过去对华之侵略行为，抑且易使台省同胞泯灭其固有之国家民族意识，实有矫正之必要。二，特电查照，务希嗣后称此时期为‘日据时期’，以正视听，并请转知公论、国语两报为荷”等由。二、特电转请查照为荷。
三、本文副本抄送全省各报社、通讯社、杂志社、及中央改造委员会第四组，并刊登公报。
处 长 张 彼 德
1949年国民党退守台湾后，台湾的政治、军事、社会、文教等在内战加冷战结构下，被编进美日的世界体系。
以1980年代中期为界，此前的历史教科书一律是“日据”版。因为两蒋以“反共”为动员台湾人民的意识形态，以“统一中国”的愿想合法偏隅台湾，以“中国主体”的立场看待日本帝国主义殖民台湾的历史。1980年代末期，台湾新兴本土财团取代退守赴台的官僚、买办和地主集团，“日治”版历史教科书随之跃上教育舞台。此时外部方面：大陆与美建交，苏联日渐势孤、乃至瓦解，中国共产党导入市场经济却不从属美国的世界体系。美国在亚太的扩张焦虑反映在对日对台结盟的力度加大，如军演和军售。到了1990年代，再三出现“中国威胁论”。在这些外部势力对大陆虎视眈眈的时候，作为美日战略秩序的一员，李登辉选择“皇民化”路线。
除了“日治”、“日据”之外，还可以见到诸如“日本时代”、“日本统治时期”、“日本殖民统治时期”等用法。有学者则倾向于使用“日本殖民统治时期”。该学者还表示，如果对接受日本教育的老人家讲“日本时代”可能更合适。学者还认为，应该放弃“日据”，因为其字面意思是“日本占据”，如果用英文讲，就是“Japanese occupation”，是军事性的。日本在台湾是殖民统治，殖民统治是近代世界历史上常见的帝国统治型态(不管您喜欢不喜欢)，如果用军事性的“occupation”，无法呈现历史的真实面相。
关于“日据”与“日治”之争，还有学者认为，站在“中华民国”的“本国史”立场上，也站在《中华民国宪法》的立场上，毫无疑问应当用“日据”。若用“日治”，则应言明是“日本殖民统治”的简称，唯不宜在教科书中迳用“日治”。尤其不可强制规定只准用“日治”，而不可用“日据”。
中国文化大学历史系兼任教授王仲孚指出，李登辉将“日据”改成“日治”，是为了改变青少年对历史的认同，这是“台独”的文化运动。如今国民党的马英九执政，仍用“日治”很荒谬。王仲孚说，课纲不能没有立场，但如果不改回“日据”，至少应尊重学术自由，让出版业者自行选用“日治”或“日据”。
台湾政治大学教授戴宝村认为“日治”是接近历史事实的陈述，教科书用日本殖民统治是历史事实陈述，现在学术界甚至当局都用“日治”，也是回归事实。戴宝村说，用“日据”是情绪性很强的字眼，显示反日情绪，历史虽有史观，但不可以罔顾事实。台湾学者多与总统马英九的观点一致，倾向于“日治”与“日据”都用。但有观点认为，不准“日据”入史，是将被侵略者的正史，篡改成了为侵略者粉饰的伪史。
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