大陆划设东海防空识别区后，一般预估下一步将对南海如法炮制。陆委会发言人吴美红12月5日，目前相关作业正在研议中，但陆委会会依国安会相关指示，先和陆方表达严正立场。对于东海防空识别区，总统马英九说，这样的行动对两岸关系正面发展没有帮助。
吴美红表示，南沙群岛、西沙群岛、东沙群岛等周围海域都是台湾固有领土跟水域，希望陆方避免涉及台方领土主权等区域再次引发争议，未来应妥善处理，避免进一步升高区域紧张态势。
吴美红强调，目前相关机关正在研议，未来会依照国安会会议相关指示来跟大陆表达严正立场。若大陆同意与台湾磋商南海防空识别区范围，是否启动两会协商平台，吴美红并未正面回应，再次重申会依照国安会指示来向陆方反应。
东海部分，吴美红表示，陆委会在11月30日透过两方例行管道，向陆方表达不满与严正立场，让大陆认知“我们没有办法接受东海防空识别区这样的划设”，对方则回应，这是对应外部局势的需要，并不是针对台湾。至于是否再向陆方表达第二次抗议？吴美红回应，“这个部分，我们的立场大陆已经非常清楚”。
另外，马英九5日接见美国前副国务卿斯坦伯格(James B. Steinberg)时表示，斯坦伯格来台湾正好是大陆划设ADIZ时候，正是这两星期，区域内大家最关心的议题。美国副总统还就这议题跟大陆领导人交换意见。
马英九指出，台湾在1950年代划设航空识别区也有2.3万平方公里和大陆的ADIZ重叠。在11月23日中共宣布不久，台湾曾经发表声明，一方面重申对钓鱼台(大陆称“钓鱼岛”)主权，也重申2012年8月所提的“东海和平倡议”，希望周边国家以和平方式解决问题。有关跟大陆防空识别区重叠部分，台湾也特别表示，对方划设前并未跟台方咨商，“这样的行动，对两岸关系正面发展没有帮助”。
马英九说，“国军目前在演习或训练区域，在ADIZ里面，都不会受到中共这一行动的影响”。另外一方面，台湾是台北飞航情报区主管单位，对于区域经过这飞航情报区的飞机，希望台方向中共民航当局代转飞行计划，“我们都会照办”。
马英九表示，实际上，台方的民用航空器飞经日本飞航情报区时，也向日本当局提供飞航计划，最优先的考虑就是民航机的安全以及乘客福祉。另一方面，也跟中共就这问题表达严正立场。“对于未来是否会在其他地区划设航空识别区，表达严正关切”。马英九还呼吁周边国家，应该跟中共就ADIZ重叠部分进行双边协商，透过对话跟谈判解决问题；希望这个问题尽快告一段落，让东海恢复和平、合作之海的本来面貌。
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