国民党立委吕学樟5月12日表示，中央研究院(简称“中研院”)直属总统府，应属总统幕僚，却在学运后对总统呛声，违反行政伦理。对此，中研院副研究员黄国昌下午在脸书PO文，回呛吕学樟“无知”。
立法院司法及法制委员会召集委员吕学樟12日考察中央研究院组织改造后，员额编制及业务绩效提升情形。
吕学樟说，中研院直属总统府，总统马英九学运后到中研院被抗议、呛声，有违行政伦理。他说，安排考察中研院绩效，如果绩效不彰，要考虑删减预算。另外，吕学樟回到立法院后，对外界质疑考察是否针对参加学生运动的黄国昌，吕学樟说，此行没谈到中研院存废，中研院应永续发展，此行也不是为打压个人，“黄国昌没有这么伟大”。
不过，黄国昌下午16时在脸书po文呛吕学樟“无知”。黄国昌po文指出，自己当初是自愿从副教授降转为助理研究员进入中研院，从没将自己定位成“总统幕僚”。黄国昌还强调自己不恋栈，“个人的研究表现，学术界自有评价”、“即使被逼离开中研院，台湾社会也一定还有我可以容身、可以继续努力的地方。”
黄国昌曾表示，“最关心的，当然是攸关服贸审议的民主过程。”不管是带领群众走上街头，还是和学生并肩坚守立法院，或是上节目狂电名嘴，中研院副研究员黄国昌自从318学运以来，曝光度、知名度翻倍涨红，始终以批判角度挑战公权力，和政府站在对立面，因此被封为战神。
黄国昌还在脸书开炮，呛吕学樟大阵仗率团考察中研院，就是为了查他的出勤纪录。对于这种无聊的政客，实在没有时间、也没有兴趣陪他们瞎耗。对此，吕学樟也说：“他(黄国昌)是不是心中有鬼？要认清他是一个公务人员，他是无所事事吗？他是没有事干吗？连这个这么重要，对中研院这么重要的一件事，他都要存着怀疑的态度、批判的态度吗？”吕学樟解释，他只是配合政府组织改造后的公务考察行程，却正巧碰上一连串学运抗争的敏感时机，让彼此间多了更多算计。
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