台立法院司委会召委吕学樟5月12日赴中研院考察，并指出会考虑法律研究所及政治研究所的存废问题。对此，中研院院长翁启惠表示，中研院在组织架构直属总统府，应可提供总统建议。过去中研院政策研究都不碰政治议题，现在若各界期待，他将邀社会科学相关所研究宪政体制改善建议。
翁启惠说，“不论现任的马总统或上一任的陈总统，都非常尊重学术自由，是我国的福气。”中研院历年对高等教育等“国家政策”都有诸多建议，即将提出的税改建议，张忠谋看了都说写得满好。“中研院对国家有使命感，能力所及，应尽量帮忙。”
翁启惠说，身为院长，他很难为，一方面考量中研院隶属总统府，虽是学术单位，但受公务员服务法规范，要对总统有起码的尊重，也得对外界负起社会责任。另一方面要从学术角度尊重研究员不同意见，做到言论自由。翁启惠还说，研究员也应理解自己和一般教授不同，是受公务员服务法规范，发言须更谨慎。翁启惠表示，“黄国昌其实是为国家好，只是言论比较激切。黄国昌参加学运活动都有跟中研院请假，研究也做得非常好，必须是加倍用功，才有办法这样。
另外，外界质疑，司委会考察中研院是冲着法研所的副研究员黄国昌去的。因为黄国昌为本次太阳花学运成员，参与学运决策。外界担忧司委会大动作，恐造成中研院寒蝉效应。吕学樟表示，黄国昌虽已违反行政中立原则，“但他只是个副研究员，没那么伟大”，中研院是直属总统府单位，研究员却频频向总统呛声，非常不得宜，所以不是只针对他个人。
吕学樟表示，中研院有31个研究所，很多研究单位成果都不错。他点名法研所及政研所，这两个所成立五年多，应是总统府幕僚角色，提供政策建议、立法，但近来方向走偏，许多研究员只会一味批判、诋毁，相当不得宜，“未来会评估他们的学术、绩效表现，作为经费审查标准，甚至考虑直接废除。”
黄国昌12日在脸书呛吕学樟“中研院是总统幕僚”一席话，指出即使是蒋公，当年都不至于对胡适院长说出这种话，“我完全无法理解一个人无知的底限在哪里？”吕学樟指中研院社会科学研究领域看不出绩效，更是对许多同仁的莫大侮辱。
黄国昌指出，当初他自愿从副教授降转为副研究员进入中研院，是为了追求更高的学术表现，从没将自己界定为“总统幕僚”。他相信绝大多数同仁也不是这样看待自己的研究工作。“个人的研究表现，学术界自有评价，即使被逼离开中研院，台湾社会也一定还有我可以容身、可以继续努力的地方。”
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