曾经声称为保证含金量而多年空缺的“国家自然科学一等奖”，于本年初被授予“透明计算”，但2月2日网名为KraneSun的lT工程师揭露，“透明计算”涉嫌抄袭国外lT工程师lordan iordanov上传的开源代码软件。目前项目作者张尧学尚未对抄袭门有任何回应。
备受争议的透明计算被发现借用了开源远程桌面项目的代码。获得国家自然科学奖一等奖的透明计算项目公开了原型桌面系统和手机终端远程应用实例的演示视频，一位新语丝的用户仔细观看了视频，Google了视频中的一段英文代码，结果在GitHub上找到了这段源代码的出处----一个个人开源桌面客户端项目。
该用户表示：“张尧学院士及手下也太不敬业了。当年上海交大陈进都要雇佣民工把别人的芯片标识刮掉呢，这回儿张院士居然连其盗用的开源软件中的英文提示都不改改，就敢号称‘基于透明计算’、‘知识产权归中南大学、清华大学透明计算实验室所有’。敢于将这样的‘原型成果’公之于众，也太侮辱公众智商了吧。”
开源桌面客户端项目作者lordan iordanov在被中国用户告知后发表了“获奖感言”，指出他的项目采用的是GPLv3许可证，如果张尧学的团队要推广他们的项目，他们必须公开源代码。获跟帖中一片支持声，也有网友表示担心，“此事会不会导致 GitHub 被墙”。
截止发稿时，张尧学尚未对抄袭门有任何回应。项目组微博帐号上，于2月3日发帖“请关注：今天晚些时候将有重要信息披露。”
在此次被揭露项目涉嫌抄袭之前，这个项目便已引发业内外轰动性质疑，多名IT技术人士在网上揭露其“课题低劣、造假、骗人”，业内网友评论指：“理论、技术和产品均无创新和突破，只是一套集成化的解决方案，任何成熟的软件公司投入 12 个人月都能搞定。一般学者从中找些亮点发几篇职称论文无伤大雅，骗到国家自然科学一等奖就是国耻”。然而这些揭露文章却很快被删除了。连陆媒财新网在1月 17日发的一篇报道《“透明计算”获大奖引发诸多争议》的文章，也被删除了。评论认为，有可能是政府部门的遮羞之举。“习大大背后”又一个“男人”？
2015年1月9日，“2014年度国家自然科学奖”揭晓，一等奖颁给了清华大学教授、中南大学校长、中国工程院院士张尧学带领的团队所做的“网络计算的模式及基础理论研究”（俗称“透明计算”）。当晚就上了央视新闻联播，随即《光明日报》、《人民日报》、新华网等各大官媒齐声吹捧，称这一成果“从根本上突破了统治计算机领域六十余年的冯・诺依曼结构”，理论上“可防御所有病毒对计算机系统的攻击”，“在国际业界引起震动”。
中南大学对其校长获奖的炒作露骨到爆笑的程度，称张尧学是“习大大背后的男人”。但此帖随后被删除了，原因不详；还称其为“网络路由器之父”，很想知道天堂中的冯・诺依曼对此怎么看。
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