方舟子摊上大事了，他被央视知名记者王志安在网上实名曝光其伙同律师涉嫌“诈骗”网友钱财，再陷入舆论的漩涡。
方舟子曾于崔永元在转基因问题上互掐
方舟子2010年遭遇袭击事件后，其律师彭剑成立了“安保资金”，吸纳网友捐款，意图保护方舟子。12月27日，王志安在微博撰写长文，揭方舟子律师彭剑是如何挪用公众捐款为自己的律师事务所买车的。12月29日日，更是详尽描述了买车的整个过程。目前，方舟子并没有否认其律师利用“安保资金”买车的事实。
在此，我们不去讨论事实的真相，还是先回顾一下方舟子这些年曾打过假吧。
与崔永元激辩“转基因” 两人互赔4.5万
2015年6月25日，方舟子诉崔永元名誉侵权案在北京海淀区人民法院一审宣判。根据判决，方、崔承担同等法律责任，并互向对方赔偿45,000元（1人密闭约合0.157美元）。尽管两人都没有出现在法庭上，但获悉判决的崔永元和方舟子仍表示，不满法院判决，将提起上诉。
此案源起于2013年9月，当时方、崔二人就转基因食品安全开始网络争论，逐渐升级到质疑对方语言逻辑、有无话语资格等，网上对骂且愈演愈烈，最终诉诸公堂，方向崔索赔32万元，崔反诉索赔67万元。一场始于转基因的科普讨论，最后却出人意料地走向娱乐八卦般的官司。
关于转基因的孰优孰劣目前仍然存在争议，2015年2月中国转基因大米品尝会京津站在北京湖北大厦举行，80名网友“试吃”了3公斤转基因大米，方舟子也出现在了的会场上。他说，转基因品尝会大约从2010年开始兴起，自己已参加多次。他称“参加的城市多了，科普的效果就有了”。针对此事，曾制作质疑转基因安全性纪录片的崔永元表示，他认为此类科普品尝或存在违反科学伦理的情况。他说，虽然参加品尝会的志愿者都签署了知情书，但不意味着一定完全了解情况，“就像医院里做手术前也要签，很多不懂的医学术语医生都要解释清楚，这是最基本的知情权。如果转基因生米进入运输等流通领域，则在基因漂移问题上无法得到完全保障。”崔永元说，在国外的转基因研究室，不光所有的植物最后都要放火烧掉，用过的土壤都要高温熏蒸后才能重复使用，防止基因漂移。
针对崔永元的质疑，活动主办方之一、基因农业网主编方玄昌回应称，大米基因漂移只能通过花粉传播，而已经制成大米的转基因作物，根本不可能存在基因漂移的情况。“米还能种出水稻吗？那煮熟的鸭子也能飞了。”方玄昌说。
方舟子打假韩寒 韩寒回应：USB
方舟子曾在自己的微博账户上连续发表《造谣者韩寒》、《天才韩寒的文史水平》、《韩寒的悬赏闹剧》、《“天才”韩寒的写作能力》、《“天才”韩寒参加新概念作文比赛之谜》、《“天才”韩寒创作<三重门>之谜》、《“天才”韩寒作品<求医>分析》等文章。以及转发、评论若干他人文章。明确指出韩寒作品“代笔”“水军”“包装”，韩寒遭遇了成名以来最大的考验。
而在后来导演宁浩的一场发布会中请到了韩寒作为嘉宾，韩寒针对方舟子“乱咬一气”的打假，拿起宁浩的赠品U盘说：“这是一个U盘，又叫USB，我想对方舟子说，USB。”一方面利用谐音骂了方舟子，同时深层含义也被网友扒了出来：方舟子就是个USB接口----欠插！
方舟子2011年打假屠呦呦：青蒿素并非中药
2015年屠呦呦获得诺贝尔医学或生物学奖，方舟子居然发文揭露其性格缺陷，称其3次院士落选并不奇怪。新加坡《联合早报》10月7日报道，方舟子在接受媒体采访时，出言指责屠呦呦发表专著时可能未严格按照学术规范署名，未尊重基本事实，夸大了自己的成就，而忽略了同事的贡献，方舟子认为，”“她因此备受其同事、同行诟病，也是她三次选院士都没能选上的因素之一。”其实2011年屠呦呦获得拉斯克临床医学奖的时候方舟子就曾经“咬”过一回屠呦呦。
方舟子称，青蒿素与重要无关。中医虽然传统上也用青蒿治疟疾，但是中医所用的那种青蒿(又名香蒿)并不含青蒿素，已被证明对治疗疟疾无效。青蒿素是从与青蒿同属的黄花蒿(又名臭蒿)提取的。中医几乎不用黄花蒿入药，用的话也只是用来“治小儿风寒惊热”，从不用它治疟疾。青蒿素一开始也称为黄花素或黄花蒿素，后来为了表明其与中药 的关系，才统一叫做青蒿素，再后来干脆在药典里把黄花蒿改叫青蒿，定为青蒿的正品，让人误以为青蒿素真的是从青蒿提取的。
方舟子质疑唐骏学历造假事件
2010年7月中国第一职业经理人、“打工皇帝”唐骏深陷“学历造假门”，因而再次成为媒体的焦点。事情缘起于以打假出名的科普作家方舟子，连日来在微博中以多项证据指出唐骏的“美国加州理工大学计算机科学博士”学位，和“卡拉OK打分、大头贴照相机”两项专利以及个人创建公司的经历均系造假。
唐骏则回应出示学位证书并表示自己是美国西太平洋大学的博士，随后方舟子又指出这是一家卖文凭的野鸡大学，至此“学历门”事件大有愈演愈烈之势。2012年6月，在北京大学的一场讲座中唐骏为“学历门”事件道歉。2013年10月18日在新书《我还年轻，我还可以重新出发》中，唐骏首次对“学历门”事件做了回应。唐骏在接受商报记者采访时表示：“学位是真的，没有那么好而已”。
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