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机器学习和大数据正帮助化学家搜寻药物

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2016年,制药公司Sunovion给一群经验丰富的员工布置了一项不同寻常的作业。在位于美国马萨诸塞州马尔伯勒的公司总部,这些药剂师被要求玩一个游戏,以便确定谁能发现针对新药的最好的先导化合物。他们的工作台上是一个由上百种化学结构组成的网格,其中仅有10种被标上了关于其生物效应的信息。专家们不得不利用辛苦获得的化学结构和生物学方面的知识,选择其他可能最终成为候选药物的分子。在11名参与者中,有10人花了好几个小时才艰难地完成任务。不过,有1名参与者仅用了几毫秒便轻松过关——因为它是一个算法。

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图片来源:Vasava

这个电脑程序是Willem van Hoorn脑力劳动的产物。van Hoorn是利用人工智能设计药物的初创公司——Exscientia化学信息学部门的负责人。该公司总部位于英国敦提,想同Sunovion扩展新兴的伙伴关系,因此这次比赛事关重大。“我的信誉冒着极大的风险。”van Hoorn说。20轮游戏过后,他统计了得分,然后长舒了一口气。只有一位寻找药物的专家打败了机器。

自此以后,Exscientia和Sunovion继续开展合作,以发现精神治疗药物。“这场竞赛确实帮助获得了那些作出化学研究决定的人们的支持。”在Sunovion公司负责计算化学业务的Scott Brown表示。

探索化学宇宙

要想在化学宇宙中“航行”,最好有一幅地图。2001年,瑞士伯尔尼大学化学家Jean-Louis Reymond开始利用计算机绘制尽可能多的化学空间。16年后,他积累了全世界最大的小分子数据库——由1660亿种化合物构成的巨大虚拟库。这个被称为GDB-17的数据库包括所有最多由17个原子构成并且从化学角度看很合理的有机分子。这也是Reymond的计算机所能处理的数据量的上限。

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