筹办三年多，仍未获得中国教育部的“招生许可证”，南方科技大学创校校长朱清时作出了一个艰难的决定：拟自主招生推出其首期实验班，如果学生最终不能获颁教育部认可的文凭与学位，南方科技大学就自发文凭与学位。
朱清时12月15日在南方科技大学网站上刊出《致报考南方科大考生、家长的一封信》，宣布“已经做好了首期教改实验班的师资准备，将确保为学生们提供一流的优质教育，确保他们都成为社会欢迎的人才。”
由于招生权迟迟等不到，这个原定于今年9月开学的实验班被延至明年春节后。首批招生50人，学生无须参加高考，只要完成了高中课程且通过南方科技大学的资格考试即可入学。作为一种补偿和奖励，这期实验班的学生将享受全额奖学金（减免学费，并每年补助每人一万元人民币作生活费）。
信中说，学校已聘请了若干院士和著名教授承担教改实验班的教学工作，包括：中国科学院院士张景中、中国科学院院士陈国良、著名物理学家陈应天、香港科技大学李泽湘教授、香港科技大学丁学良教授等，朱清时本人也将为学生授课，主讲创新能力培养课程。
朱清时在信中说，这期教改实验班可能会遇到许多困难。“为了确保教改实验班顺利进行，我们希望每位自愿报考的学生及其家长都能充分理解这项改革的意义和实际情况，并与每位学生和家长签订协议书，以确保他们参与教改试验班完全自愿。”
南方科技大学不能获得招生许可证的原因是其当前条件不符合相关法规规定。
根据中国国务院1986年公布的《普通高等学校设置暂行条例》，一所新学校要获得招生权（先不说自主招生权），必须满足包括大学行政人员配备比例、师资配备比例、专兼职教师比例等五大条件。而南方科技大学作为一所正在筹办中的新学校，人员的配备尚不完善。上述参与实验班授课的教授虽然都是各自领域的领军人物，但只能在南方科技大学兼职教学，不能成为支撑学校持续发展的骨干力量。
但朱清时认为，招生和授学位是高校的核心自主权，高校自己有能力判断何时能招生、育人。他把这次改革称为“大学回归办学自主权的重要尝试”。
朱清时在接受财新网专访时称，当前学界及相关主管部门对是否给南方科技大学发放招生资格仍存争议，但“支持我们的人也很多”，他已准备了数套方案，尽最大努力不使这期实验班“被叫停”。其中一个方案是，与国外知名大学合作办学，到时给学生发双文凭。
为什么在条件并不充分的情况下就匆匆推出试验班？朱清时说，南方科技大学的使命有两个：一是为中国教改探路，冲破束缚；二是单纯建一所高水平的研究型大学。“我们觉得最重要的任务是探路，这需要花很多时间，要好几年，眼看着时间一天天过去，我们不能再按部就班地等下去”。
他在信中说，南方科技大学是深圳“倾全市之力”建造的一所创新型大学，是中央和教育部领导同志宣布的“国家教改综合试验校”，做教改的尖兵是我们责无旁贷的使命。在过去三十年改革开放的历程中，深圳人已经懂得，改革不可能不与旧的规章制度发生冲撞，“改革不能一味靠等批复，深圳精神就是‘敢闯’”。
朱清时此举无异于向现行教育体制宣战。
香港科技大学原创校校长吴家玮倾向于赞成更为稳妥的做法。
他提出，南方科技大学作为国内高等教育改革的试验田，不能持“试错了重来”的打算，而是必须步步为营，稳步推进，抱持“只许成功不能失败”之信念，为改革的跟随者提供宝贵的示范和参考价值。
“要与相关各方，尤其是政府部门加强沟通与理解，要从对方的角度着眼，设计突围方案，让那些需要帮助你的人对你做的事情产生足够的信心和认识。”
南方科技大学由深圳市政府全额投资，该校拟借鉴香港科技大学模式，大力改革办学体制，一步到位办成亚洲一流研究型大学，十五至二十年后办成世界一流大学，学科方向以工科、理科及管理学为主。该校2009年被中国教育部确定为国家教育综合改革试点。
深圳市政府于2007年3月在其年度《政府工作报告》中提出要筹建南方科技大学。2007年底，深圳向中国教育部提出南方科技大学的筹建申请。一位事件参与者表示，深圳市政府原预计教育部的筹办批文可在2008年第四季度下发，2009年9月，南方科技大学就可招生办学。2010年9月底，南方科技大学收到消息，在教育部9月30日的一个专项会议上，其筹办申请已获得全票通过。不过正式筹办批文至今仍未下达。
朱清时校长致报考南方科大考生、家长的一封信
南科大迈出的一小步，将是我国高教改革的一大步！尊敬的各位同学、家长：
深圳市委市政府为南科大确定的目标定位是：“参照香港科大建校的模式，一步到位地建成一所高水平的研究型大学。”
这个目标定位既是深圳市进一步发展的需要,也是我国高教改革和回答钱学森之问的必要探索，更是香港科大和许多国际一流大学的成功经验。它受到国内外教育界的高度认同，也受到全体深圳人民的热烈企盼。
然而，按照一些旧的规章制度，南科大一步到位地建成一所研究型大学的目标是不可能实现的。这些规章制度规定：要想创办一所新的高校，只能先办大专或学院，若干年后办得好者，评审合格，再升成大学。然后再一个个地申请硕士、博士点，几十年后才可能建成一所研究型大学。这些法制化了的规章制度的原意是由教育部代表国家来保障、控制全国学位的质量，但同时也使大学失去了办学自主权，造成高校“千校一面”的畸形状况。
这些规章制度的弊端，是剥夺了大学“招生”和“授学位”的核心自主权，导致我国大学缺乏内在的发展活力。为了实现南科大的目标和定位，也为了回归大学应有的办学自主权，尝试建立现代大学制度，我们把“自主招收高二学生”，“自授各类学位和文凭”作为教改先行先试的内容。我们的教改计划得到了国内外舆论积极的支持，国际权威的《科学（SCIENCE）》也发了专访，南科大成了国内高等教育改革的风向标。
家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020）》中“建设现代学校制度，落实和扩大学校办学自主权（第十三章第三十九条）”为我们指明了改革的方向。《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2010-2020）》和《深圳市综合配套改革总体方案》中“争创国家教育综合改革示范区。”“深化改革先行区：继续承担全国改革‘试验田’的历史使命，大胆探索，先行先试，全面推进经济体制、政治体制、文化体制、社会体制改革，在重要领域和关键环节率先取得突破，为实现科学发展提供强大动力，为发展中国特色社会主义创造新鲜经验。 ”为我们提供了具体的任务。
南科大是深圳“倾全市之力”建造的一所创新型大学，是中央和教育部领导同志宣布的“国家教改综合试验校”，做教改的尖兵是我们责无旁贷的使命。在过去三十年改革开放的历程中，深圳人已经懂得，改革不可能不与旧的规章制度发生冲撞，改革不能一味靠等批复，深圳精神就是“敢闯”。南科大决定把“自主招收高二学生”，“自授各类学位和文凭”作为教改先行先试的内容，以期回归大学的办学自主权，为我国建立现代大学制度探路。
三十年前，第一批丢掉铁饭碗下海人的勇气、小岗村人分田到户的激情，鼓舞着我们决心迈出今年自主招生的第一步，从目前已经完成高三上学期课程的优秀学生或其他已经学完中学课程的优秀学生中招收一期教改实验班，在毕业时授予南科大的学士学位。今年招生虽然时间紧迫，但是我们仍然坚持招生，目的就是为了不让有志于报考南科大的同学失去机会。
我们已经做好了首期教改实验班的师资准备，聘请了若干院士和著名教授承担教改实验班的教学工作，包括：
中科院院士张景中教授讲授高等数学；中科院院士陈国良教授讲授“计算机基础”；著名物理学家陈应天教授讲授“普通物理”；香港科大李泽湘教授讲授工程创新导论；中科院院士朱清时教授主讲创新能力培养课程；香港科大丁学良教授领衔组织设计人文教育课程，实施目前世界上最先进的全面教育体系。我们将确保为学生们提供一流的优质教育，确保他们都成为社会欢迎的人才。因为只有当我们的毕业生都受到社会的欢迎时，我们的教改试验才算成功。
为了免除实验班学生的经济负担，本期学生将享受全额奖学金（减免学费，并每年补助每人一万元人民币作生活费）。
为了确保教改实验班顺利进行，我们希望每位自愿报考的学生及其家长都能充分理解这项改革的意义和实际情况，并与每位学生和家长签订协议书，以确保他们参与教改试验班完全自愿。
南科大的教改实验可能会遇到许多困难。但是，大学能自主招生、自授学位，才有真正的办学自主权，才能推进我国现代大学制度的建设，这是我国高教改革的必由之路。
在中国高教改革中，南科大迈出的一小步，将是我国高教改革的一大步！有理想的同学，我们热烈欢迎你参与这个实验！你和我们一起度过的四年时光，必将成为你终生骄傲的经历！
南方科技大学校长 朱清时
2010年12月15日
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