肇端于李登辉时期的国安密账案随着邱义仁案定谳以及李登辉即将出庭聆讯而受到关注，香港媒体刊文分析近15年间台湾国安局内斗不断，内力已惊人地损耗到无以复加的地步，昔日对陆情战中的“翘楚”而今已凋零沦落。
7月1日报道称，台湾对大陆的情报作战能力低落，已到了无以复加的地步。在短短不到15年间，国安局因沉溺内斗而疏于情报作战，如今已沦落到只剩下当年不到20%的能量，而且相关的情战网络也随著改朝换代而逐渐凋零，远离权力核心。而在以前，台湾情报系统曾是国际间对中国情搜最直接、最快速、最权威、最绵密的。
国安局高层人士分析称，当年台湾是国际间掌握邓小平死讯最早的国家及地区之一；对于大陆的重大政治会议，台湾也都能掌握部分重要情资。过去为了培养重要的情报来源，无论军情局或国安局都可花上二、三十年的时间布线，最著名的大陆少将总后勤部军械部部长刘连昆的“台谍案”，台湾就整整花了20年，由他校级军官时进行策反，一路培养到将级进入解放军的核心。
1986年任中国人民解放军总后勤部军械部部长的刘连昆，负责军械的采购和产制任务。1988年9月被授予少将军衔。据称在军中人脉很广，与中共将领洪学智、赵南起、刘华清均熟识。在1992年，刘连昆由解放军大校邵正宗从中搭线，被台湾国防部参谋本部发展成为间谍，被授予少将。直到1999年东窗事发，刘连昆被解放军军事法庭处以死刑。
报道称，“刘连昆案”堪称台湾情报圈最重要的代表作，而当年负责这个专案的就是前国安局长殷宗文及国安局前副局长王西田，直接负责操作的就是王西田在军情局任内所为，因此，当殷宗文升任国安局长时，唯一从军情局带到国安局的主官就只有王西田，而刘连昆的专案也一并由军情局转移到国安局。
大陆方面在破获刘连昆案后，也深知对大陆渗透情战最主力的灵魂人物就是殷宗文与王西田，因此，在1998到1999年，就不断由北京方面放出王西田已为大陆吸收的反间情资，而也透过台湾的情报系统传到层峰耳中。当时国安局长丁渝洲针对王西田做了两次测谎，王因心血管疾病两次仪测都没有通过，时任国安局副局长韩堃还一度要对王进行监控，但在国安会秘书长殷宗文力阻下，才没有进一步行动。另外，2000年韩堃曾公开发表声明，回应外界对出纳组长刘冠军贪渎案的质疑，称其“与局长合作无间”“绝无所谓内斗之事”。
不过，大陆方面的反间计显然奏效，王西田以情战立功，却始终无法更上一层楼，自此每任国安局长都以此而进行权力斗争，在蔡朝明任局长期间，因担心王接替他的位置，甚至还对王抄家，清查王的接触对象、亲友的帐目，最后才在查无实据下结案，只不过就一直不让王再接触对大陆的情战布线的机密事务。
直到2007年许惠祐任局长几乎清退所有前朝人马，但因王西田是由国安会秘书长邱义仁指派回国安局任首席副局长，随时有可能取代许出任局长，所以许再把王遭对岸吸收的旧案拿出来，并以“叛国罪嫌”的名义，迳行对王西田实施情报监听，并一直到最近才告知王被监控的缘由。
《亚洲周刊》称，国安局这种权力内斗将过去情战有功的高层将领当做敌人对待，难怪情治高层人士慨叹，以后谁还敢替台湾情报系统卖命？
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