世界卫生组织的内部文件，把台湾定位是“中国的一省”在台湾引发争议，台湾总统马英九10日批评世界卫生组织作法“表里不一”，训令外交部向WHO表达严正抗议，同时也要向中共表达抗议。
马英九指出，最近发现世界卫生组织（WHO）给台湾的邀请函，称台湾的卫生署是称“部长”，称台湾为“中华台北”，台湾是观察员的身分；可是它对内部的文件里面，把我们称为“中国台湾省”，这点我们高度的不满，他已训令外交部向世界卫生组织表达严正的抗议。
马英九说，“你不能在内部的密件公文里面，用这个矮化我们的名称，在公开却是用‘中华台北’，这样子表里不一，是非常不当的，在这方面，我们也要向中共表示抗议”；他在就职演说里面，已经讲的很清楚，如果台湾在国际社会再被打压，两岸关系就很难发展。马英九强调，政府在任何场合，不会放弃捍卫台湾的主权、保障台湾的安全、维护人民的尊严。
马英九表示，希望用和解来消弭冲突，用协商来取代对立，这样才能够让两岸有一个和平发展的空间；两岸关系的改善，台湾的国际关系也有了突破。
马英九说，上任没有多久，世界卫生组织的《国际卫生协定》，“它原来通知我们
什么事情，会经过大陆，这很荒唐”，但从2009年1月开始，都是直接跟台湾联络。2009年4月，台湾接到世界卫生组织的邀请函，邀请参加世界卫生大会（WHA），这是台湾离开联合国38年之后，第一次受到邀请。
马英九指出，当时的卫生署长叶金川就去参加，去了之后，跟大陆的部长，平起平坐，双方都以“Minister”相互称呼，“我们去的身分是观察员，我们的名称是‘中华台北’”。他说，这个名称，“我们当然不满意”，但这么多年来，这是国际社会比较能够接受的名称，所以台湾当然也只有接受。
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